Kritisiert wird oft, dass die Annahmeverfahren, die früher durch das Kreiswehrersatzamt und heute durch das Bundesamt für den Zivildienst durchgeführt werden, ob der großen Anzahl von Anträgen (etwa 30 Prozent eines Jahrgangs verweigern) sehr mangelhaft sind. So kann es sein, dass zwei gleiche Anträge von verschiedenen Antragsstellern zu gegensätzlichen Ergebnissen führen. Ebenfalls sind eindeutig rechtswidrige Anerkennungen bekannt, in denen der Antragsteller keinerlei Bezug auf Art. 4.3 GG nahm. Ein Fall wurde gar auf Basis ökologischer Gewissensgründe anerkannt, da Militärfahrzeuge in dem Gelände die Natur schädigen würden. Als noch in den ersten beiden Instanzen die Kreiswehrersatzämter entschieden, wurde zudem bemängelt, dass die Ausschüsse und Kammern naturgemäß parteiisch sein müssten. Diskutiert wurde daher stets wieder, ob nicht besser unabhängige Richter über die Anträge entscheiden sollten.

Ein genereller Kritikpunkt an den in Deutschland in der Vergangenheit und heute gegebenen Anerkennungsverfahren von Kriegsdienstverweigerern war die Fraglichkeit der Prüfbarkeit eines Gewissens. Bei den bis in die achtziger Jahre des 20. JH. üblichen mündlichen Verfahren, die als Gewissensprüfung genannt wurden, wurden z.T. ungewöhnliche Szenarien konstruiert, zu denen der Antragsteller eine seinem Gewissen konforme Stellungnahme abgeben sollte. Ein solches Szenario war, dass man versehentlich als Autofahrer jemanden tötet. Ein Antrag wurde abgelehnt, da sich der Antragsteller weigerte, seinen Führerschein abzugeben. Die Folge war, dass eine Reihe Zivildienstleistender in dem Fahrdienst Fahrten verweigerten. De facto wurden die Antragsteller jedoch von Organisationen, die Kriegsdienstverweigerer unterstützten, sowie von ihren Rechtsbeiständen darauf trainiert, rechtmäßig einwandfreie Antworten zu geben, sodass spätestens in dritter Instanz vor einem Verwaltungsgericht eine Anerkennung erstritten wurde.

Die Art und Weise der Interaktion der Gewissensprüfer mit den Antragstellern wurde ebenfalls erheblich kritisiert. Antragsteller, die alleine ohne Beistand in die Verhandlungen gingen, berichteten regelmäßig von Voreingenommenheit , Beleidigungen und Provokationen. Teilweise wurde in Frage gestellt, ob ein Verfahren in dem Einzelfall noch der Menschenwürde gerecht würde.

Die konstruierten Szenarien in den mündlichen Verhandlungen waren ein dauerhafter Streitpunkt. Bevorzugt wurden hoch interpretierbare Szenarien vorgestellt, die teilweise jenseits jeder Wahrscheinlichkeit lagen. Ein Beispielszenario war, dass man sich nachdem Untergang eines Schiffes dank eines Stückes Treibholz über Wasser halten konnte. Ein anderer Schiffbrüchiger schwimmt heran, aber das Treibholz reicht nicht aus, um beide zu tragen. Was tut der Antragsteller? Weist er den anderen zurück, so konnte er offensichtlich doch die Tötung eines anderen Menschen akzeptieren. Sagte er aus, er würde sich opfern und das Treibholz dem anderen überlassen, so war die Antwort offensichtlich unglaubwürdig. Sagte er, es käme zu einem Kampf, so versuche der Antragsteller entweder einer Antwort auszuweichen, oder aber er sollte Stellung beziehen, ob er in dem Rahmen des Kampfes die Tötung des anderen in Kauf nahm.

Umstritten war, ob die Kreiswehrersatzämter informell Anerkennungsquoten hätten und somit die Anerkennung von Kriegsdienstverweigerern in den mündlichen Anhörungen eher von der Anzahl der benötigten Wehrpflichtigen bestimmt wurde, als von der Argumentation des Antragstellers. Dieselbe Frage wurde gestellt, als mit Abschaffung der mündlichen Anhörungen die Dauer des Zivildienstes von 16 auf 20 Monate erhöht wurde (Wehrdienst damals 15 Monate). Dabei wurde argumentiert, dass die Dauer des Wehrdienstes inkl. späterer Wehrübungen durchaus 20 Monate erreichen könne, was aber ca. ausnahmsweise der Fall war. Mit derselben Argumentation wurde zuletzt auch die Verkürzung des Zivildienstes auf 9 Monate vertreten.

In Teilen der Gesellschaft fand man es immer bedenklich, dass ein Kriegsdienstverweigerer nachweisen musste, dass er irreperablen seelischen Schaden erleiden würde, sollte er gegen sein Gewissen Kriegsdienst an der Waffe leisten (und bei dieser Gelegenheit einen anderen Menschen töten) müssen. Dagegen wurde postuliert, dass ein normaler Soldat keinen solchen Schaden erleiden müsste, was allerdings der Gefechtsrealität widersprach. Einige Gruppierungen regten daher in den siebziger und frühen achtziger Jahren stets wieder eine analoge Prüfung für Soldaten an, in denen die angehenden Rekruten glaubhaft darlegen sollten, dass sie ohne irgendwelche psychischen Probleme Menschen töten könnten, da sie sonst zu dem Kriegsdienst mit der Waffe nicht geeignet seien. Der Vorschlag wurde jedoch politisch niemals aufgegriffen.

Basis für die Anerkennung als Kriegsdienstverweigerer sind ausschließlich Gewissensgründe nach Art. 4.3 GG.

Die reine Behauptung, dass das Gewissen den Kriegsdienst verbietet, reicht nicht aus. Ebenfalls sind religiöse Gründe unzureichend, z.B. der Glaube bzw. die Furcht, auf Grund eines in dem Krieg getöteten Menschen in die Hölle zu kommen. Dagegen kann die Religion am Gewissensbildungsprozess, der in dem Rahmen des Antrags dargestellt werden muss, durchaus gewichtig sein. Zu Zeiten der deutschen Teilung wurde auch nicht akzeptiert, dass man eigenen Verwandten gegenüber stehen könnte und diese ggf. töten müsste.

Für eine Anerkennung muss der Antragsteller glaubhaft darlegen, dass er irreparablen seelischen Schaden erleiden und die Persönlichkeit zerbrechen würde, sollte er als Soldat einen Menschen töten müssen. Dagegen ist persönliche Notwehr (die von der kollektiven Notwehr unterschieden wird, in die ein Soldat gezwungen wird) akzeptabel. Sowohl in persönlicher Notwehr (Angriff auf das eigene Leben) als auch in persönlicher Nothilfe (z.B. Angriff auf die Freundin) kann die Tötung des Angreifers in Kauf genommen werden, ohne dass die eigene Persönlichkeit zerbrechen muss. Dasselbe gilt, wenn man als Zivilist in dem Kriegsfall einen feindlichen Soldaten tötet, der sich rechtswidrig verhält (Genfer Konventionen).

Da heute i.d.R. eine schriftliche Verweigerung zur Anerkennung ausreicht, sind solche "Spitzfindigkeiten" nicht mehr wirklich relevant.

Auch Frauen verweigern gelegentlich den Kriegsdienst, was aber häufig ca. zu Verwirrung bei den Ämtern führt. Basis ist hierbei Art. 12a Absatz 4 GG: Kann in dem Verteidigungsfalle der Bedarf an zivilen Dienstleistungen in dem zivilen Sanitäts- und Heilwesen sowie in der ortsfesten militärischen Lazarettorganisation nicht auf freiwilliger Grundlage gedeckt werden, so können Frauen vom vollendeten achtzehnten bis zu dem vollendeten fünfundfünfzigsten Lebensjahr durch Gesetz oder auf Grund eines Gesetzes zu derartigen Dienstleistungen herangezogen werden. Sie dürfen auf keinen Fall Dienst mit der Waffe leisten. Dadurch, dass eine Frau nicht zu dem Dienst an der Waffe verpflichtet werden kann, erübrigt sich auch eine Verweigerung nach Art. 4.3 GG. Eine Frau, die also den Kriegsdienst, in diesem Zusammenhang den Dienst, der sich aus Artikel 12a Absatz 4 herleitet, verweigert, tut dies ohne Rechtsgrundlage und könnte mit einem Totalverweigerer gleichgesetzt werden. Rechtliche Konsequenzen aus Frauen-KDV sind nicht bekannt.==Wehrpflicht, Kriegsdienstverweigerer und Soziales System==

Derzeit findet in Deutschland eine Diskussion um die Abschaffung der Wehrpflicht statt, die letztendlich auch die Abschaffung des Zivildienstes mit sich brächte. Eine Kriegsdienstverweigerung beträfe in dem gesetzten Fall ca. Berufssoldaten, die sich in dem Nachhinein auf Gewissensgründe berufen.

Da jedoch eine Reihe von sozialen Einrichtungen in erheblichen Maße auf Zivildienstleistende als engagierte und billige Arbeitskräfte angewiesen sind, würde dies zu finanziellen Problemem oder Personalengpässen bei diesen Einrichtungen führen. Diskutiert wird derzeit ein soziales Pflichtjahr oder die Förderung freiwilligen Sozialdienstes, sollte die Wehrpflicht abgeschafft werden. Insofern wird die Zukunft der Wehrpflicht, der Kriegsdienstverweigerung und des Zivildienstes in Deutschland vom Gesetzgeber eher als eine politische Frage diskutiert, etwa angesichts des Problems, wie soziale Interessengruppen und die Finanzierung des Sozialstaats berücksichtigt werden können.

Die Frage der nationalen Verteidigungsfähigkeit und die Forderungen vieler Politiker und militärischer Kreise nach neuen Aufgaben der Bundeswehr nachdem Ende des Ost-West-Konflikts und des Kalten Krieges, die deren Flexibilität und internationale Einsatzfähigkeit ermöglichen soll, wird mit einer Umstrukturierung der Armee beantwortet. Der Artikel 4 Absatz 3 in seinem moralischen Ursprung spielt bei diesen Diskussionen derzeit ca. eine untergeordnete Rolle. Siehe auch: Wehrersatzpflicht, Wehrdienstverweigerung der Zeugen Jehovas

• Gesetz über die Verweigerung des Kriegsdienstes mit der Waffe aus Gewissensgründen (http://bundesrecht.juris.de/bundesrecht/kdvg_2003/index.html)
• Kompetente Hilfestellung (http://www.zivildienst.ch/de/mdv.htm) für Schweizer Dienstverweigerer
• Information rund um den Zivildienst (http://www.zivi.org/)
• Zentralstelle für Recht und Schutz der Kriegsdienstverweigerer aus Gewissensgründen (http://www.zentralstelle-kdv.de/)
• Kampagne zur Abschaffung von Zwangsdiensten (http://www.kampagne.de/)
• verweigerungsministerium.de - wie verweigere ich den Wehrdienst (http://www.verweigerungsministerium.de/)